Desde 1995, o Núcleo Caraguatatuba vem recebendo recursos financeiros, veículos, equipamentos e outras formas de apoio do Projeto de Preservação da Mata Atlântica, PPMA.

A melhoria na infra-estrutura operacional e administrativa, o treinamento e capacitação dos técnicos, estão possibilitando melhorar a eficiência na fiscalização e no desenvolvimento dos programas de educação ambiental e ecoturismo.
O Projeto de Preservação da Mata Atlântica no Estado de São Paulo (PPMA) tem como principais objetivos a conservação e manejo sustentável da biodiversidade.

A estrutura do PPMA:
O Projeto de Preservação da Mata Atlântica no Estado de São Paulo está estruturado em 4 Componentes:

Fiscalização: Visa a fiscalização dos recursos naturais.
Consolidação das Unidades de Conservação: Visa a implantação das Unidades de Conservação (UCs), administradas pelo Instituto Florestal, que integram o PPMA.

Apoio aos Componentes: Planeja as ações para a implantação das UCs através dos Planos de Gestão
Coordenação Geral e Consultoria: Gerencia e a articula geral do Projeto, de modo a viabilizar e acompanhar as ações, bem como aferir os resultados técnicos e financeiros.