Além das fontes de água pura, as matas do Núcleo são refúgio para uma fauna diversificada formada por macacos, antas, capivaras, catetos, jaguatiricas, pacas e até onças pintadas.

A avi-fauna é riquíssima. As sinfonias dos tangarás, saíras, pintassilgos, sabiás e companhia, podem ser ouvidos por todo o Núcleo e especialmente junto às trilhas de visitação.

Jequitibás, canelas, cedros, jatobás, ipês, guapuruvus e multicoloridos manacás-da-serra, são algumas das árvores que caracterizam a riqueza da floresta perene úmida de encosta.

Espalhada pela Serra do Mar e chegando até os picos mais altos, a floresta abriga e mantém inúmeras nascentes que formam os riachos e córregos de água pura que fazem parte de importantes bacias hidrográficas, como as dos rios Pardo, Guaxinduba e Claro.

As águas desses rios abastecem milhares de moradores e turistas no município de Caraguatatuba e parte do município de São Sebastião.